استدلال متداول در رد تفسير علمي آن است كه نشانه اي دال بر آنكه قرآن كتابي علمي باشد ، در دست نيست. قرآن براي آن نازل نشده كه در قالب چكيده دانش پزشكي، نجوم، هندسه، شيمي، يا غيب گويي به كار آيد بلكه براي هدايت خلق فرو فرستاده شده تا نوع بشر را به سوي نور رهنمون سازد. مفهوم تفسير علمي از اين حيث نيز در معرض خطر است كه علم ، دگرگوني پذير است و بدين سبب تفسير قرآن در پرتو علم، كاري است خطرناك.